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Fachkräfte

CeMOS ist ein wichtiger Partner in mehreren großen Forschungskonsortien, insbesondere in BMBF M2OLIE (www.m2olie.de), DFG SFB 1389 und BMBF M2Aind, arbeitet aber auch intensiv mit der Industrie auf nationaler und internationaler Ebene zusammen. Die ausgeschriebene Arbeit ist Teil des Projekts MALDISTAR (Klaus-Tschira-Stiftung) zu neuen IT-Prozessen, die MSI-Datenqualität sicherstellen. Doktorand*innen (w/m/d) werden gebeten, sich vor einer Bewerbung mit Prof. Dr. Carsten Hopf in Verbindung zu setzen.

Ihre Aufgaben:

Das Projekt wird gemeinsam mit der Universität Bremen durchgeführt und von wichtigen Mitglieder*innen der internationalen Gesellschaft für Massenspektrometrie Imaging sowie einem Industriepartner unterstützt. Die Projektarbeit umfasst:

  • Einrichtung von Datenspiegelungsmethoden für Datenbanken zwischen CeMOS und Projektpartnern

  • Forschung und Entwicklung von Softwarewerkzeugen zur Datenanalyse von Kohorten von Datensätzen zur Entwicklung benutzerunabhängiger Ergebnisse zur Beurteilung der Qualität und Zuverlässigkeit von MSI- Datensätzen

  • Erforschung von Cross-Normalisierungsstrategien zur Minderung hoher Varianz zwischen den Messungen

  • Verbesserung etablierter relationaler MSI-Datenbanken

  • Forschungslösungen für Engpässe bei der Datenspeicherung

 

Qualifikationen und Hintergrund:

 

erforderlich sind:

  • M.Sc. in Informatik, Bioinformatik, Biomedizinischer Technik oder verwandten Gebieten
  • fundierte Programmierkenntnisse in R und/oder Python; grundlegende Erfahrung mit Linux, Bash
  • starker Hintergrund in der Bildanalyse, Signalverarbeitung und/oder Mustererkennung
  • angetrieben von einem starken Interesse an rechnergestützter Forschung
  • ausgezeichnete Englischkenntnisse (deutsche Sprache ist von Vorteil)
  • Fähigkeit, selbständig in einem interdisziplinären, vielfältigen und internationalen Team zu arbeite
  • sehr gute Kommunikations- und Organisationsfähigkeiten

vorteilhaft sind:

  • Promotion in Informatik, Bioinformatik, Biomedizinischer Technik oder verwandten Gebiete

  • Kenntnisse von Methoden der Bildfusion/Registrierung

  • Kenntnisse in C++ und/oder Erfahrungen mit Massenspektrometrie-Daten

  • Relevante Publikationen im Feld

Das Arbeitsverhältnis ist bis zum 30.06.2022 befristet.

Um den Anteil von Mitarbeiterinnen zu erhöhen, werden qualifizierte Frauen ausdrücklich zur Bewerbung aufgefordert. Schwerbehinderte Bewerber*innen (w/m/d) werden bei entsprechender Eignung vorrangig berücksichtigt.

Bei projektbezogenen Fragen wenden Sie sich bitte an Prof. Carsten Hopf, E-Mail: c.hopf@hs-mannheim.de. Ihre Personalfragen richten Sie bitte an bewerberfragen@hs-mannheim.de.

 

Bitte senden Sie Ihre schriftliche Bewerbung (Kennziffer 9121 P) an den Geschäftsbereich Personal der Hochschule Mannheim, Paul-Wittsack-Str.10, 68163 Mannheim. Bitte beachten Sie, dass Bewerbungen per E-Mail nicht berücksichtigt werden. Bitte senden Sie nur Kopien (keine offiziellen Dokumente), da das gesamte Material nach Abschluss des Einstellungsverfahrens vernichtet wird.

Abschlussarbeiten

The Center for Mass Spectrometry and Optical Spectroscopy (CeMOS; Head: Prof. Dr. Carsten Hopf), Mannheim, that operates (in cooperation with Bruker) one of the leading Mass Spectrometry Imaging (MSI) facilities in Germany, is seeking a

https://www.hs-mannheim.de/ Ph.D. candidate (m/f/d) for a collaborative Ph.D. program with Heidelberg University in the field of bioinformatics and multivariate analysis of mass spectrometry imaging datasets of cancer and neurodegeneration tissues.

CeMOS is a key partner in several nation-wide government-funded research consortia, most notably the "Mannheim Molecular Intervention Environment" (M2OLIE– www.m2olie.de) and the M2Aind consortium "Multimodal Analytics and Intelligent Sensorics for the Health Industry" (www.m2aind.hs-mannheim.de), but also collaborates with industry extensively on a national level.

Description

As a Ph.D. candidate, you will be working closely with biotechnologists, biochemists, pharmacologists and clinicians in a multidisciplinary environment with a strong focus on pharmaceutical, biomedical and diagnostic application of MSI within the areas of precision medicine and personalized health care. The applicant’s research will predominantly focus on computational aspects and will involve researching and developing data mining and interpretation techniques to extract patterns and useful information from MSI datasets, applying image analysis/registration/fusion algorithms and multivariate statistics.

The Ph.D. candidate is expected to develop research plan and timetable for the 3 years research period with guidance from the supervising professor and the research team (currently 8 postdocs and 6 Ph.D. students). Execution of the research plan through carefully planned experiments involving several parties and steps, cooperation with internal and external partners, supervision of bachelor and master students, oral presentations and participation in conferences as well as producing and participating in scientific publications are all part of the Ph.D. process – a journey to become an independent researcher.

The Ph.D. project will be part of one of the consortia mentioned above and hence provides the opportunity for the candidate to develop a project of personal interest in agreement with CeMOS goals.

Qualifications and Background

Qualifications and background – must have:

  • M.Sc. in computer science, biotechnology, biomedical engineering or related fields.

  • In-depth programming skills with R, Matlab and/or Python.

  • Strong background in image analysis, signal processing and/or pattern recognition.

  • Driven by keen interest in computational research.

  • Excellent English language proficiency

  • Ability to work independently within an interdisciplinary, diverse and international team.

  • Very good communication and organizational skills.

Qualifications and background – nice to have:

  • Knowledge of image fusion/registration methods is a clear advantage.

  • German language knowledge is of advantage.

Application Deadline / Required Documents

Application is open, and candidates will be considered continuously. International applications are encouraged. The applicants are expected to apply for their own external funding/scholarship through DAAD (for more info visit this link) or any other organization for a duration of at least 3 years. Please send the following as a digital (pdf) copy:

  • CV (including a list of publications if applicable, and contact details for two referees).

  • M.Sc. certificate.

  • Transcripts.

  • Letter of motivation.

  • Preliminary research proposal (highlighting applicant’s background, interests and the reason he/she is applying for a PhD position).

    Send to: Denis A. Symmour

    Contact

    For further inquieries, please contact Prof. Dr. Carsten Hopf

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